ImmPort（Immunology Database and Analysis Portal）是由美國國立衛生研究院（NIH）、過敏與傳染病研究所（NIAID）及過敏免疫移植部（DAIT）聯合開發的免疫學數據平臺。該平臺開放共享，為全球研究者提供免疫學數據的標準化歸檔與開放訪問。

ImmPort數據庫分為四大應用模塊：
1、Private Data：研究者可上傳、管理私有數據（如未發表的實驗數據），控制訪問權限。
2、Shared Data：包含大量免疫研究項目及樣品的臨床與檢測數據，可下載并使用。這個模塊是今天介紹的重點。
3、Data Analysis：提供圖形化界面與開源工具進行數據分析。
4、Resources：ImmPort的綜合資源中心，旨在為研究者提供標準化工具、參考數據集及分析指南，支持免疫學數據的深度挖掘與跨研究整合，助力免疫組學研究。這個模塊里整理出很多免疫學領域有價值的信息，下一期會詳細介紹這個模塊。

ImmPort數據庫Shared Data模塊使用方法

打開ImmPort官網并選擇Shared Data模塊，或者直接訪問網址，便會看到如下界面（圖1）。界面中位于上方的搜索框中可輸入關鍵詞或研究項目編號（SDY編號）進行數據集搜索。此外，也可以通過下方的Data Summary、Matrix Summary和Bubble Summary篩選出相關的數據集。

圖1. ImmPort Shared Data首頁

我們輸入“breast”進行搜索，進入搜索結果頁面（圖2）。ImmPort提供了多種方式對搜索結果進行篩選并提供了操作教程（圖3）。搜索結果包含Studies和Subjects兩部分。Studies是研究項目，包含許多樣品的數據。而Subjects是Studies中包含的各樣品信息。搜索結果以列表形式呈現。列表中各title含義如下：
1）Study：研究項目編號
2）Title：研究項目名稱
3）Pubmed Id：研究項目來源于哪篇已發表文獻
4）Research Focus：研究方向
5）Condition/Disease：狀態或疾病類型
6）Assay Methods：實驗檢測方法，括號里是檢測數量
7）Latest Release Version：研究項目的新版本號（DR編號，編號數字越大版本越新）。ImmPort數據庫允許上傳者對上傳的數據集進行更新（如新增樣本、修正錯誤、補充元數據），更新后版本號會迭代更新。在論文或分析中引用數據集時，必須注明版本號，以便他人復現結果（如：使用ImmPort SDY1597, DR34版本數據”）
8）Program Name：研究項目所屬的大型科研計劃或資助項目的名稱
 
圖2. ImmPort Shared Data搜索結果
 
圖3. ImmPort Shared Data搜索結果篩選教程

打開SDY1597進入該研究項目詳情頁，可以看到該研究項目的詳細信息（圖4）。打開右上角的“Study Package（Web）”可進入數據下載頁面（圖5）。ImmPort數據庫下載數據需要賬號登陸并使用Aspera進行數據傳輸。如果沒有登陸賬號或缺少數據傳輸必要的擴展插件和Connect軟件的話，網站會跳轉到登陸界面或插件與軟件下載提示窗口。
 
圖4. SDY1597項目詳情頁

可下載內容主要包含三個部分：
1.實驗方法（Protocols）和每個樣品的檢測結果（ResultFiles）。
2.ImmPort數據庫的結構化輸出結果。其中，“XXX_result.txt”文件非常重要。該文件記錄了多 個樣品的臨床信息和對應的檢測數據結果文件名稱，幫助我們將下載到的每個樣品數據結果與其臨床信息結合到一起。
3.*archive文件夾內包含了不同版本（DR編號）的結構化輸出結果。
 
圖5. SDY1597項目數據下載頁

這一期我們學習了如何從ImmPort數據庫的Shared Data模塊搜索和下載免疫類研究項目的數據。下期詳解ImmPort數據庫Resources模塊使用技巧。