介紹
ROCK MAKER是一款功能強(qiáng)大的軟件，用于設(shè)計(jì)各種結(jié)晶實(shí)驗(yàn)。該軟件已擴(kuò)展了其功能，可以使用片段和配體輕松創(chuàng)建共結(jié)晶實(shí)驗(yàn)。該功能對于使用小分子片段進(jìn)行基于結(jié)構(gòu)的藥物發(fā)現(xiàn)的研究人員特別有用。現(xiàn)在只需點(diǎn)擊幾下即可創(chuàng)建這些復(fù)雜的實(shí)驗(yàn)。

片段篩選
片段篩選是早期藥物發(fā)現(xiàn)過程中的一種流行方法，可幫助研究人員識別與靶蛋白活性位點(diǎn)結(jié)合的相關(guān)小分子。

ROCK MAKER為用戶提供片段篩選功能，作為一種有組織且整潔的解決方案來保護(hù)實(shí)驗(yàn)記錄。ROCK MAKER中的片段篩選包含可以添加到任何所需實(shí)驗(yàn)的單個(gè)片段的集合。用戶現(xiàn)在可以為共結(jié)晶實(shí)驗(yàn)添加更多細(xì)節(jié)，并跟蹤某個(gè)蛋白質(zhì)液滴中存在的某個(gè)片段。使用ROCK MAKER 中的片段篩選功能，用戶可以設(shè)計(jì)基 于共結(jié)晶片段的實(shí)驗(yàn)并管理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)文檔。

創(chuàng)建片段篩選
在將片段添加到蛋白質(zhì)樣品以進(jìn)行共結(jié)晶之前，用戶需要先創(chuàng)建一個(gè)片段篩選。這是ROCK MAKER存儲所有片段數(shù)據(jù)以備將來使用的地方。用戶可以選擇手動將片段數(shù)據(jù)添加到 ROCK MAKER中，也可以從電子表格編輯器（例如 Microsoft Excel 或 Google Sheets）中復(fù)制它們。要從現(xiàn)有電子表格復(fù)制數(shù)據(jù)，只需從電子表格編輯器復(fù)制所需的片段，然后將它們粘貼到 ROCK MAKER中即可。需要注意的是，用戶必須將數(shù)據(jù)從 Condition Number表復(fù)制到軟件內(nèi)的Notes表中。請參閱下圖以供參考。還需要注意的是一旦在實(shí)驗(yàn)中使 用片段篩選，它就變得不可編輯，以防止任何可能篡改相關(guān)實(shí)驗(yàn)的更改。

片段篩選選項(xiàng)卡填充片段列表

用戶可以通過兩種方式添加片段：

1. 設(shè)計(jì)共結(jié)晶實(shí)驗(yàn)時(shí)，在蛋白質(zhì)樣品中加入片段。

2. 在獲得晶體后再加入片段。建議用戶在軟件的“Experiment Notes”部分注明這是一個(gè)浸泡實(shí)驗(yàn)。

片段篩選非常靈活，用戶可以在每孔添加片段層時(shí)改變投放位置。用戶還可以根據(jù)需要編輯片段的體積或工 作濃度。一旦片段篩選條件被保存，它可以作為片段層應(yīng)用ROCK MAKER的任何實(shí)驗(yàn)中。

片段層

在ROCK MAKER中，片段層定義了一個(gè)片段，該片段將被添加到實(shí)驗(yàn)的液滴中。用戶可以選擇在將蛋白質(zhì)液滴添加到蛋白質(zhì)層之前或之后添加片段層。ROCK MAKER中的分層系統(tǒng)使用戶能夠輕松創(chuàng)建復(fù)雜的篩選實(shí)驗(yàn)，因?yàn)橛脩艨梢栽谄桨瀹嫴忌弦詧D形方式勾勒出他們的實(shí)驗(yàn)組件應(yīng)該放在的位置。如右圖所示，片段層由蛋白質(zhì)層頂部的深色陰影以圖形方式表示。

片段層

創(chuàng)建片段層

在ROCK MAKER中設(shè)計(jì)蛋白質(zhì)結(jié)晶實(shí)驗(yàn)時(shí)，可以將多個(gè)片段添加到所需的實(shí)驗(yàn)中。創(chuàng)建片段層涉及指定目標(biāo)孔滴和選擇片段篩選條件。只需在孔板畫布上選擇片段篩選應(yīng)用到的孔，然后選擇所需的片段即可完成此操作。可以添加多個(gè)片段層來創(chuàng)建所需的實(shí)驗(yàn)。這是設(shè)計(jì)復(fù)雜片段篩選的一種快速簡便的方法，同時(shí)將所有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)保存在一個(gè)地方。

選擇所需的孔以添加片段層