單細胞空間數據的質量受多種因素影響，怎么樣才能讓自己的單細胞空間轉錄組研究更加順利？在選擇好CosMx SMI平臺后，需要注意哪些問題，平臺已有哪些可參考的內部經驗？本期，小編整理SMI實驗過程中需要注意的要點及已經做過的樣本情況統計信息，為您將要進行的單細胞空間轉錄組實驗提供參考。

秘訣1：不同組織樣本類型，單細胞空間轉錄組數據表現因樣而異

為了了解不同組織和疾病類型中，轉錄本及基因檢出情況差異，對210個組織切片數據進行了統計，這些樣本都是用人1k 通用靶標或小鼠1000神經靶標RNA的panel檢測而來，如下圖所示：平均轉錄本數量（counts數）（圖 1）和每個細胞平均檢測到的獨特基因數量（圖 2）。

從這些整理的數據中得出了兩個關鍵的信息：

1) 根據每個細胞中的轉錄本和基因來統計RNA信號，發現在組織類型上有很大的差異，不同組織類型高低不同。這可能是組織固有的組織生物學和panel中基因有關。

2) 組織塊和切片質量是影響數據質量的主要因素，同一組織類型內，可以看到轉錄本和基因數量也存在異質性。

因此，在自己的樣本檢測中，也要客觀分析所檢測到的樣本轉錄本和基因檢出情況，也可以將自己的數據和目前已做樣本進行比較驗證。

圖1. 不同組織和疾病類型中每個細胞的平均轉錄本數量

圖2. 不同組織和疾病類型中每個細胞的平均獨特基因數量

 
秘訣2：做好樣品制備，提高檢測樣本質量

好的組織制備是進行成功的單細胞空間轉錄組實驗，拿到比較理想檢測數據的基礎。因此，在樣本制備過程中，可以參閱《CosMx 載玻片制備手冊》和《樣品切片技巧和竅門》來獲得高質量的樣本。

此外，官方總結了各種組織類型，并建議對實驗條件進行修改，以優化數據質量。以下表一是對不同組織類型的匯總，所涉及到的組織類型，官方都提供了調整建議，以獲得高質量的數據。表二是已測試過的組織類型，有現成的實驗條件參考。這些經驗建議都為單細胞空間轉錄組實驗的成功開展打下了堅實的基礎。

表一
 

表二
 

秘訣3：儀器運行條件的設置

儀器運行時間取決于所檢測的組織面積（FOV數量）。目前，針對不同的基因檢測panel(人6k，人1k，小鼠1k，64蛋白)，最大限度地增大掃描區域，獲得最優的基因檢出效率，我們已推出多種FOV解決方案，感興趣的老師可以與當地銷售進行詳細溝通咨詢。